吴玉搢，字藉五，号山夫，晚号顿研、钝根，康熙三十七年(1698)生于淮安书香世家。祖父名会，又名德义，字东枢，贡生，“绩学植行，里人奉为大师”，死后学者尊为真士先生。父宁谧，又名仕迹，字静公，康熙甲子(1684)举人，“选广德州(今安徽广德)学正”，好礼、经、乐府，谙训诂学。“性好宾客，虽冷署，坐客常满，善书法，求者无虚日”，著有《铸错轩稿》、《桐川乐府》。
吴玉搢八岁随父在署衙，耳濡目染，喜辨识古字，“既长博览群书，精心考究”，“精小学”，“凡六书原委者，字栉音译，审其同异，订其讹谬”，有志于金石训诂。年将弱冠，友人张芝桥为其拓济州汉碑诗，从此以后，“嗜此废寝食”。一次吴玉搢路过苏州，有人告诉他书肆有《亭林全集》出售，他“急往购之”，购得书“橐中金已尽”，无回家的盘缠，“遂搭吴江鸭嘴船梢篷渡江，寒风凄厉，以片席蔽体，四顾江天，旷然一览，不知其苦也。”一路上虽历经辛苦，亦不以为然。后来吴玉搢在回忆这段往事时说：“嗣后，日置此书案上，时时展读，心知其妙，特未能尽耳。”其好学精神，感人至深。吴玉搢二十一岁回淮参加岁考，“补淮安府学附生”，二十五为“廪膳生”。第二年父逝，“扶柩归葬”。以后又参加了几次乡试，均不售，于是“客授海州、济宁”。每到一地，即寻访碑刻铭文，为后来著书立说，积累资料。清学者吴进《续山阳耆旧诗》云：“先生曾订《金石存》辑成十五卷，续辑二卷，甚费苦求，既不能如顾宁人(即顾炎武)、朱竹拄(即朱彝尊)足迹远到，而见闻又苦未广，惟恃陕西人贩字帖者，每岁过淮，必延款二饭，托其四访古帖，有初出土碑板，无论断缺，即略存数字，亦减炊典衣，凑价如数买之”。“以是日久，多所累积，。再以访求故家远客，或响拓，皆借抄焉。”吴玉搢亦称自己“性喜涉猎，苦善忘，往往有所见闻，辄举笔纂录，至金石文字尤所酷嗜，弱冠后，孜孜搜集，虽力有不逮，然目之所遇亦无遗弃。”(《金石存自序》)功夫不负有心人，经过二十多年的努力，吴玉搢终于乾隆三年完成了专著《金石存》和《说文引经考》，并于四年后写成了《别雅》。该书“取字体之假借通用者，依韵编之，各注所出，而为之辨证，于考古深为有功……然就所征引，是以通古籍之异同，疏后学之凝滞，犹可以考见汉魏以前，声音文字之概，是固小学之资粮，艺术之津筏，非俗儒剽窃之书所能仿佛也。”(段朝端《吴山夫先生年谱》)后《别雅》被收入《四库全书》，好友陆竹民写诗赞曰：“读书识字几能真?转假通字更罕伦，《别雅》一编须善读，世间不少弄獐人。”乾隆十一年，吴玉搢参加了《山阳县志》的编撰工作，稍后又完成《山阳志遗》。
乾隆十三年，吴玉搢进京任八旗教习，途经山东拜谒孔庙，登临泰山，更丰富了阅历和知识。在京师，大学者翁方纲、朱石君均向吴“虚怀请益”。时在京候选的马曰瑁、马曰璐兄弟在金石研究方面颇有名气，被称为“扬州二马”。马曰瑁“有嗜古癖，间裒辑经史彝鼎碑刻怪字，录成一帙，客至出以相难，瞠目不能答，或夙称博物才，训诂其一二，先生一一诂其音义，详其出处，或一字散见诸书，为剖析其音义同异，马惊告人曰，‘吴先生，神人也!’”吴玉搢的学识为同伍膺服。
乾隆二十年，吴玉搢年近六旬，终于遂了考察秦川古迹的心愿。这年冬天，他不顾年老身弱，严寒风雪，“匹马走塞上，登居庸关，考山川阻夷，就戍卒野老，询古战争胜败处，徘徊丛莽落日中，至竟日不得食，搜其碑刻而还。”这次考察，虽历经艰辛而矢志不移，友人、诗家李蟠枢《柬吴山夫》云：
山夫不舍山中老，岁暮骑驴客路遥。
塞外梅花消息冷，雪飞先已过芦桥(原注：山夫骑驴北上至芦沟桥遇雪)。
雄关屹立锁长安，古塞荒村草色寒。
羡杀吴翁真矍铄，短衣匹马欲登坛(原注；山夫匹马登居庸关)。
康家山外步硗碐，云暗红桥树百层。
自古帝王无寸土，秋风秋雨十三陵(原注：游昌平陵)。
魂销红泪透凝脂，百沸香泉欲起迟。
冷袖凄凄思不禁，软温今属老头皮(原注：山夫浴汤泉最得意)。
吴玉搢学富五车，然而“先生抱所学，既无用于世”，不为世人所重视。他晚年穷愁潦倒，六十四岁才“以明经训导风阳”，作了一个小小学官，以维持生计。在任十年，“以病解归”，乾隆三十八年(1773)病逝于淮安，享年七十六岁。
吴玉搢一生著作甚丰，除上面已提及的以外，尚有《六书述部叙考证》、《六书引经考》、《玉昶金石存跋》；编有《山阳耆旧诗》，还删定了朴学家阎若璩的《潜邱札记》，其大部份著作均未刊刻，散落于民间。
吴玉搢在考古、金石、古文字学上的成就，在当时影响很大。1774年乾隆帝“诏修《四库全书》，征海内博物洽闻之士入京供纂修，征书有山夫名”，可惜，此时他已逝世一年了。清大学者、诗论家翁方纲在《一咏轩诗草》题诗云：
我有金石癖，心契山阳吴；
手释皇象文，竟获巾箱图。
拳拳兹集中，时时说山夫；
烟水风露气，中有斯人乎?
因君寄遥讯，傥得访遗书，
空音答风雨，远梦来江湖(自注：己亥典试金陵，作《天玺碑考》，买得《图说》一卷，山夫手迹也)。
淮安学者阮锺瑗亦赋诗赞之：
当代儒林传，吾乡孰见收?
阎杨(指阎若璩、杨开沅——笔者注)称绝学，继起有任邱(指任瑗、邱逢年)。
博雅推吴叟(指吴玉搢)，精详志楚州(原注：修郡志毕，辑《山阳志遗》四卷)。
一官虽博士，兹事足千秋。
群雅源流别，遗文金石罗。
人堪欧赵(欧阳修、赵明诚)继，泽衍顾张(指顾炎武、张弨)多。
旧雨三生隔，新诗七字讹。
关心故园里，文献近如何。
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